현청소재지는 구마모토시이다. 북쪽·동쪽·남쪽이 산지로 둘러싸이고, 중앙부에 구마모토 평야가 펼쳐진다.

서쪽에 우토반도[宇土半島]가 돌출하여 아리아케해[有明海]와 야쓰시로해[八代海]를 분리하고, 남서쪽으로 아마쿠사제도[天草諸島]가 이어진다. 북동부에는 대규모의 칼데라를 가지는 유명한 아소산[阿蘇山]의 화산지형이 펼쳐진다. 기쿠치강[菊池川]·시라카와강[白川]·미도리가와강[綠川]·구마강[球磨川] 등이 서류하여 구마모토 평야·야쓰시로 평야를 이루고 아리아케해·야쓰시로해로 흘러든다.

기후는 일반적으로 온난하며, 장마철에는 북부에, 태풍 때에는 남부에 집중호우가 내려 홍수를 일으키는 일이 많다. 구마모토시는 연평균기온 15.9 ℃, 연강수량 1,893mm를 보인다.

산업은 농축산업이 주종을 이루며 야쓰시로 평야의 골풀재배는 일본 제1이다. 그 밖에 밀감재배가 이루어지고 있는데, 특히 다노우라[田浦]의 밀감이 유명하다. 목축은 아소산 기슭의 광대한 목야지에서 소의 사육이 성하고, 낙농도 활발하다. 공업은 농림수산물·석회석과 관련된 식품·화학·종이펄프·목재·시멘트·비료·화학섬유 등이 활발하다.

국립공원으로 지정된 아마쿠사제도와 아소산 일원은 화산·산악·계곡·해안의 경승지가 다채롭고, 온천도 많다. 구마모토성(城)은 임진왜란 때 선봉장으로 한국을 침공한 바 있는 가토 기요마사[加藤淸正]가 축조하였고, 스이젠지[水前寺]공원은 규슈 제1의 명원(名園)으로 꼽힌다. 아마쿠사제도는 일찍이 일본 개국(開國) 전에 그리스도교가 전래되어 교도들의 반란이 있었던 곳이다.